Pelé sempre foi muito criticado por diversas de suas declarações.
Durante o regime militar, deu declaração polêmica dizendo que "o povo brasileiro não sabe votar", o que provocou a reação de políticos na época.
Em 2005, falou que Romário deveria se aposentar, ao que o mesmo replicou que Pelé "com a boca fechada é um poeta", completando que ele deveria "colocar um sapato na boca para deixar de falar besteiras". Também criticou Ronaldo por estar acima do peso em 2006, porém o jogador realmente estava muito acima do peso ideal.
Em 2006, disse antes do jogo pela Copa do Mundo entre Brasil e França que tinha um mau pressentimento quanto ao jogo. O Brasil realmente acabou perdendo o jogo por 1 a 0.
Muitos jogadores declararam que em campo ele era um "jogador sujo", e também costumava revidar as agressões dos adversários:
Quebrou a perna do alemão Kiesman em um amistoso em que o Brasil venceu a Alemanha Ocidental em 1965 no Maracanã por 2 a 0.
Também causou a fratura da perna do cruzeirense Procópio em 1968 numa partida entre Cruzeiro e Santos.
Um dos lances que ficou famoso também foi a cotovelada que Pelé desferiu contra o uruguaio Dagoberto Fontes, na semifinal da Copa de 70. No início do jogo, esse zagueiro havia pisado na mão de Pelé quando ele estava caído, irritando o Rei. Mas o lance da cotovelada foi tão bem feito, que o juiz deu falta do zagueiro e não de Pelé.
Há de se considerar, no entanto, que suas incursões surpreendentes entre os zagueiros em jogadas espetaculares que freqüentemente resultavam em gols, o que o tornava objeto de caça dos zagueiros dos times adversários. Pelé era constantemente atingido e agredido pelos marcadores, o que pode ter resultado em que algumas vezes seu comportamento, em revés, tenha sido uma resposta a essas constantes agressões. Depois da Copa de 1966, principalmente, quando Pelé mal pode jogar devido as "entradas" desleais que sofreu e que o machucaram, muitos o aconselharam a jogar com mais "dureza", intimidando sempre que possível seus implacáveis marcadores.
Quando era ministro do Esporte, criou a Lei Pelé, que tinha como objetivo modernizar o futebol brasileiro ao transformar os clubes em empresas. A lei até hoje é polêmica: Pelé acusa os grandes clubes de terem deturpado o projeto original, enquanto os mesmos dizem que a lei teria facilitado a saída dos jogadores de seus clubes, favorecendo as transferências para o exterior.
Seu filho Edinho (Edson Cholbi Nascimento) que jogou como goleiro pelo Santos, foi preso em junho de 2005[6] por envolvimento com o tráfico de drogas.
Tem sete filhos reconhecidos: três com a primeira mulher, Rosemeri Cholbi, dois com a segunda, Assíria Lemos, e mais duas filhas extraconjugalmente, uma das quais Pelé foi obrigado a reconhecer a paternidade judicialmente, Sandra Regina Machado, ex-vereadora de Santos, vitimada por um câncer em 17 de outubro de 2006.

